Metagenômica 16S - Tecnologia

Usando o DNA usado para construir a subunidade 16S, podemos identificar o gênero e as espécies do gênero em uma amostra. Nós usamos uma abordagem metagenômica da região v4 do 16S. Isto fornece um gênero e/ou uma espécie de identificação de espécies para cada organismo. A abordagem metagenômica permite que as empresas enviem amostras não enriquecidas, produtos acabados ou várias matérias-primas.

  • Com base em um banco de dados de 16S proprietária, podemos identificar o gênero de cada bactéria presente em uma amostra.
  • Identificar candidatos prováveis para o organismo de interesse através de unidades taxonômicas operacionais (UTOs).
  • Mostrar a abundância relativa do gênero de bactéria presente em cada amostra.

Metagenômica 16S

O uso de 16S para aplicativos do microbioma permite uma resolução incrível em aplicações de degradação de alimentos ou microbioma de placas. A análise metagenômica do 16S permite algumas melhorias críticas em relação aos métodos tradicionais de subtipagem.

16S vs. métodos tradicionais

  • Os métodos tradicionais sofrem de dois problemas específicos: O volume do trabalho, e preconceitos dos meios.
  • O volume de trabalho através da subtipagem de uma amostra pode ser enorme. Cada organismo diferente precisa ser isolado, e em seguida usar uma identificacão bioquímica tradicional. Em uma amostra ambiental da produção de alimentos, isso poderia significar 15-20 isolados!
  • O outro elemento é viável, mas não cultivável. Os métodos de subtipagem tradicionais introduzem um viés apenas selecionando organismos que podem crescer nos meios usados para o isolamento. O método 16S contorna essa questão ao obter amplificação e identificação da sequência do 16S em uma amostra pura (sem isolamento).

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