GGP HD 150K

O painel customizado de alta densidade GeneSeek® Genomic Profiler™ (GGP-HD) para gado de leite utiliza a plataforma Illumina Infinium® e apresenta aproximadamente 150.000 SNPs para uma avaliação mais precisa do mérito genético, seleção genômica ampla, estudos de genética comparativa e maior imputação de densidade.

O GGP BeadChip foi construído a partir do Illumina 7k BeadChip e oferece os SNPs mais informativos do Illumina Bovine 50k e 770k BeadChips. GGP BeadChip utiliza o melhor conteúdo dos três chips da Illumina, por um preço acessível ALÉM DE parentesco completo, doenças e SNPs de relevância.

  • Mais informação. Inclui aproximadamente 42.000 dos SNPs mais informativos do Illumina Bovine 50k. 74.000 SNPs se sobrepõem com o GGP-HD Bovine original e mais de 25.000 SNPs do painel GGP-LD estão incluídos. Os restantes 23.000 SNPs são provenientes diretamente do painel Illumina 777k.
  • Cobertura uniforme. O espaçamento médio de SNP dentro do genoma é de aproximadamente 19 kb (o chip Illumina 50k tem espaçamento médio a 49.4 kb para comparação), com uma concentração maior nas regiões teloméricas do cromossomo. A maioria dos SNPs foram especificamente escolhidos para valores maiores de MAF e cobertura genômica uniforme para a maioria das raças Bos taurus.
  • Verificação de parentesco. Inclui todos os SNPs de parentesco do USDA comumente utilizados, além de centenas de SNPs para permitir a conversão de dados de parentesco de microssatélites da ISAG.
  • Conteúdo customizado. Contém 700 variantes funcionais putativas/mutações no sítio de splicing derivadas dos dados da sequência do genoma de uma variedade de raças de gado de corte e de leite.

Equipado com novo conteúdo customizado

O painel GGP-HD 150K contém marcadores adicionais que demonstraram ter um impacto na susceptibilidade de doenças e desempenho em várias raças de gado de leite. Esses marcadores incluem:

  • Transportador de Cassetes de Ligação de ATP subfamília G membro 2 (ABCG2)
  • Beta caseína A2/A3
  • Variantes da beta caseína
  • Beta lactoglobulina
  • Deficiência de Adesão Leucocitária Bovina (BLAD)
  • Síndrome Brachyspina (BY)
  • Citrulinemia
  • Cor da pelagem incluindo o vermelho dominante
  • Complexo de Má Formação Vertebral (CVM)
  • Diacilglicerol aciltransferase1 (DGAT1)
  • Cardiomiopatia dilatada
  • Fator XI
  • Síndrome do odor de peixe
  • Receptor do hormônio de crescimento (BGHR1)
  • Holandês Haplótipos Fertilidade 1,3,4
  • Chifre/Mocho
  • Jersey Haplótipo Fertilidade (JH1)
  • Kappa Caseína
  • Sindactilia Congênita
  • Desmielinização da Coluna Vertebral (DCV)
  • Atrofia Muscular da Coluna Vertebral (AMCV)
  • Deficiência de Uridina Monofosfato Sintetase (DUMPS)
  • Síndrome Weaver
  • Gordura amarela

Olhando para o futuro

A Neogen® continua adicionando novos conteúdos para aumentar ainda mais o valor do GGP-HD 150K para gado de leite. O conteúdo recentemente adicionado inclui:

  • Deficiência de Colesterol na Raça Holandesa (DCH)
  • Pardo Suíço Haplótipo Fertilidade 2 (BH2)
  • Ayrshire Haplótipo Fertilidade 1 (AH1)

Informação técnica