GeneSeek® ofrece opções extensivas para a genotipagem vegetal. GeneSeek pode utilizar arrays fixos, genotipagem por sequênciação (GBS), bem como a descoberta de SNPs para projetos genotípicos de todos os tamanhos e espécies de plantas. Com esta informação de sequenciamento, a Gene Seek pode auxiliar no desenvolvimento de ferramentas de genotipagem personalizadas adaptadas às suas necessidades precisas de conteúdo genômico de diferentes plantas. Oferecemos serviços para cada paso da melhoria genômica para uma planta de interesses.

Os nossos serviços incluem:

  • Sequenciamento para descoberta de SNPs
  • Bioinformática para selecionar os melhores SNPs para estudos de associação do genoma completo
  • Construção de arrays de SNPs de média o alta densidad para criar modelos genômicos
  • Construção de arrays e painéis de baixa densidade para a seleção assistida por marcadores
  • Uso de ferramentas de diagnóstico para identificar resistências de líneas susceptíveis

GeneSeek pode oferecer testes de arrays fixas nas seguintes espécies de plantas:

Maçã

O array para genotipagem de maçã foi desenvolvido pela RosBREED e inclui 80,000 marcadores genéticos.

Brassica

O array para genotipagem de Brassica inclui mais de 13,000 SNPs coletados de mais de 80 linhas de Brassica.

Cereja

O array para genotipagem da cereja foi desenvolvido pela RosBREED e inclui 80,000 marcadores genéticos. Os SNPs foram desenvolvidos para uso em reprodução com germoplasma em todo o mundo.

Algodão

O painel de genotipagem do Consórcio Internacional de SNP de algodão é um array de 70,000 marcadores desenvolvido com SNPs de Gossypium hirsutum, G. barbadense, G. tomentosum e G. mustelinum. Pequenos números de tipos de tentativa de microesferas serão dedicados a G. longicalyx y G. armourianum.

Caupi

O array para genotipagem de caupi foi desenvolvida pelo Consórcio Internacional de Caupi e inclui 60,000 marcadores genéticos.

Eucalipto

O array de árvores de eucalipto inclui mais de 60,000 SNPs e foi desenvolvido para ser informativo em múltiplas espécies de eucalipto. Entre 29,000 e 33,000 SNPs são polimórficos (MAF>0.01) em cada uma das cuatro espécies compõem mais do 90% das florestas plantadas de eucalipto em todo o mundo (E. grandis, E. urophylla, E. camaldulensis, E. globulus), com 15,033 SNPs simultáneamente polimórficos nas cuatro.

Uvas

O painel de genotipagem de uvas foi projetado pelo Consórcio GrapeRepSeq e inclui aproximadamente 20,000 SNPs.

Milho

MaizeLD BeadChip inclui uma alta cobertura de discriminação elevada com 3047 marcadores uniformemente espaçados.

Maize SNP50 BeadChip contém mais de 50,000 marcadores validados derivados da sequência de referência B73 e foi submetido a testes funcionais rigorosos em mais de 30 linhas de milho diversas para assegurar um forte desempenho.

Aveia

Este array contém quase 6,000 SNPs e foi validado em 1,100 amostras de seis populações de mapeamento (RILs) e conjuntos de diversos cultivares de aveia avena e linhas de reprodução, e fornece aproximadamente 3,500 polimorfismos Mendelianos discerníveis.

Pêssego

O array para genotipagem de pêssego foi desenvolvida pela RosBREED e inclui aproximadamente 9,000 marcadores genéticos.

Pimentos

O array del Consórcio de Pimentos está projetado para permitir a genotipagem econômica efectiva de múltiplas espécies de pimentos e inclui mais de 16,000 SNPs.

Batata

O array GeneSeek Genomic Profiler para a batata utiliza mais de 12,000 SNPs. O contúdo do array inclui:

  • 7157 SNPs do array GGP-LD para a batata original com uma densidade aumentada en regiões candidatas de resistência
  • ~3100 SNPs en genes candidatos
  • ~5000 SNPs para a genotipagem tetraploide

Arroz

O array para arroz inclui mais de 42,000 marcadores e oferece uma ampla cobertura genômica, o que permite aos investigadores analizar facilmente a variação natural das variedades de arroz em todo o mundo para identificar genes subjacentes a características fenotípica importantes.

Soja

O array inclui 180,961 marcadores espaçados através do genoma da seguinte maneira:

  • 114,735 SNPs ou 63.4% do total de marcadores estão localizados em 40,631 genes.
  • 22,952 SNPs estão em 13,259 regiões dentro de 5 pares de kilobases no extremo 5' ou o extremo 3' dos genes.
  • 43,274 SNPs localizados em regiões intergênicas.
  • A descoberta e validação do SNP foram completadas usando um conjunto diversificado de soya.

Tomate

O painel de genotipagem SolCAP para tomates foi projetado pelo Projeto Agrícola Coordinado de Solanaceae (SolCAP) e inclui mais de 7,000 marcadores genéticos.

Trigo

O array para genotipagem de trigo Axiom HD é uma ferramenta de pesquisa de alta densidade com 817,000 SNPs em conjunto de dois arrays em formato de placa de 96 arrays.

O array para genotipado para cultivadores de trigo Axiom inclui 35,000 SNPs para linhas de trigo de elite de todo o mundo em um formato de placa de 384 arrays.

Painéis e arrays personalizados

Crie arrays adaptados às suas necesidades específicas para o genotipado de regiões específicas, estudos de validação, estudos de associação ou programas de reprodução assistida por marcadores. GeneSeek oferece os arrays personalizados Illumina Infinium BeadChips e Affymetrix Axiom.

  • Somente 1,000 muestras
  • Capacidade de amostras de centenas de milhares
  • Escolha entre 1,000 y 600,000 ensios de SNP
  • Múltiplas espécies no mesmo chip
  • Taxas médias de sucesso genotípico > 99%