GGP HD 150K

El personalizado y de alta densidad GeneSeek® Genomic Profiler™ (GGP-HD) para ganado lechero utiliza la química del Illumina Infinium y presenta alrededor de 150,000 SNPs para una evaluación más precisa del mérito genético, selección del genoma completo, estudios de genética comparativa y una imputación de densidad más alta.

El GGP BeadChip, construido sobre el altamente informativo Illumina 7K BeadChip, también ofrece los SNPs más informativos de los Illumina Bovine 50k y 770K BeadChips. Utilizando el mejor contenido de los tres chips Illumina, todo por un precio asequible, MÁS SNPs para parentesco completo, enfermedades y rasgos relevantes.

  • Más información. Incluye aproximadamente 42,000 de los SNPs más informativos del Illumina Bovine 50k original. 74,000 SNPs se solapan con el GGP-HD para bovinos original y más de 25,000 SNPs del array GGP-LD están incluidos. Los restantes 23,000 SNPs provienen directamente del array Illumina 777K.
  • Cobertura uniforme. El espaciamiento promedio de SNP dentro del genoma es aproximadamente 19kb (el chip Illumina 50K tiene un espaciamiento promedio de 49.4kb para comparación), con una mayor concentración en las regiones teloméricas del cromosoma. La mayoría de los SNPs fueron específicamente escogidos por altos valores de frecuencia del alelo menor y por cobertura uniforme del genoma para la mayoría de las razas Bos taurus.
  • Verificar el parentesco. Incluye todos los SNPs de parentesco del USDA comúnmente utilizado, más cientos de SNPs para permitir la conversión de los datos de parentesco de microsatélites de la ISAG.
  • Contenido personalizado. Contiene 700 variantes putativas funcionales/mutaciones de sitios de empalme derivados de los datos de secuenciación del genoma completo de una variedad de razas de carne y de leche.

Repleto de nuevos contenidos personalizados

El GGP-HD 150K contiene marcadores adicionales que se ha demostrado que tienen un impacto en la susceptibilidad a enfermedades y el rendimiento en varias razas de ganado lechero. Estos marcadores incluyen:

  • ATP binding cassette sub familia G miembro 2 (ABCG2)
  • Beta caseína A2/A3
  • Variantes de beta caseína
  • Beta lactoglobulina
  • Deficiencia de adhesión leucocitaria bovina (BLAD)
  • Síndrome de Braquiespina (BY)
  • Citrulinemia
  • Color del pelaje incluyendo rojo dominante
  • Complejo de malformación vertebral (CMV)
  • Diacilglicerol O-aciltransferasa 1 (DGAT1)
  • Cardiomiopatía dilatada
  • Factor XI
  • Síndrome de olor a pescado
  • Receptor de la hormona de crecimiento (BGHR1)
  • Haplotipos de fertilidad Holstein 1,3,4
  • Cornado/descornado
  • Haplotipo de fertilidad Jersey (JH1)
  • Kappa Caseína
  • Sindactilia
  • Desmielinización espinal bovina (BSD)
  • Atrofia muscular espinal (SMA)
  • Uridina monofosfato sintasa (DUMPS)
  • Síndrome de Weaver
  • Grasa amarilla

Mirando hacia el futuro

Neogen® está continuamente añadiendo contenido recién descubierto para agregar aún más valor al GGP-HD 150K para ganado lechero. El contenido agregado recientemente incluye:

  • Deficiencia de colesterol en Holstein (HCD)
  • Haplotipo de fertilidad Brown Swiss 2 (BH2)
  • Haplotipo de fertilidad Ayrshire 1 (AH1)

Información técnica