GeneSeek® ofrece amplias opciones para el genotipado de plantas. GeneSeek puede utilizar arrays fijos, genotipado por secuenciación (GBS), así como el descubrimiento de SNPs para proyectos de genotipificación de plantas de todos los tamaños y especies. Con esta información de secuenciación, GeneSeek puede ayudar en el desarrollo de herramientas de genotipificación personalizadas adaptadas a sus necesidades precisas de contenido genómico de diferentes plantas. Ofrecemos servicios para cada paso de la mejora genómica para una planta de interés.

Nuestros servicios incluyen:

  • Secuenciación para el descubrimiento de SNPs
  • Bioinformática para seleccionar los mejores SNPs para estudios de asociación del genoma completo
  • Construcción de arrays de SNPs de media o alta densidad para crear modelos genómicos
  • Construcción de arrays y paneles de baja densidad para la selección asistida por marcadores
  • Uso de herramientas de diagnóstico para identificar resistencias de líneas susceptibles

GeneSeek puede ofrecer pruebas de arrays fijos en las siguientes especies de plantas.

Manzana

El array para genotipado de manzana fue desarrollado por RosBREED e incluye 80,000 marcadores genéticos.

Brassica

El array para genotipado de Brassica incluye más de 13,000 SNPs recolectados de más de 80 líneas de Brassica.

Cereza

El array para genotipado de cerezas fue desarrollado por RosBREED e incluye 80,000 marcadores genéticos. Los SNPs fueron desarrollados para su uso en la reproducción con germoplasma a nivel mundial.

Algodón

El panel de genotipificación del Consorcio Internacional de SNP de algodón es un array de 70,000 marcadores desarrollado con SNPs de Gossypium hirsutum, G. barbadense, G. tomentosum y G. mustelinum. Pequeñas cantidades de tipos de microesferas intentadas serán asignadas a G. longicalyx y G. armourianum.

Caupí

El array para genotipado de caupí fue desarrollado por el Consorcio Internacional de Caupí e incluye 60,000 marcadores genéticos.

Eucalipto

El array de árboles de eucalipto incluye más de 60,000 SNPs y fue desarrollado para ser informativo en múltiples especies de eucalipto. Entre 29,000 y 33,000 SNPs son polimórficos (MAF>0.01) en cada una de las cuatro especies que constituyen más del 90% de los bosques plantados de eucalipto en todo el mundo (E. grandis, E. urophylla, E. camaldulensis, E. globulus), con 15,033 SNPs simultáneamente polimórficos en las cuatro.

Uvas

El panel de genotipificación de uvas fue diseñado por el Consorcio GrapeRepSeq e incluye aproximadamente 20,000 SNPs.

Maíz

MaizeLD BeadChip incluye una alta cobertura de discriminación con 3047 marcadores uniformemente espaciados.

Maize SNP50 BeadChip contiene más de 50,000 marcadores validados derivados de la secuencia de referencia B73 y fue sometida a rigurosas pruebas funcionales en más de 30 líneas de maíz diferentes para garantizar un fuerte rendimiento.

Avena

Este array contiene casi 6,000 SNPs y fue validado en 1,100 muestras de seis poblaciones de mapeo de líneas puras recombinantes (RILs) y conjuntos de diversos cultivares de avena y líneas de reproducción, y proporciona aproximadamente 3,500 polimorfismos Mendelianos discernibles.

Melocotón

El array para genotipado para melocotón fue desarrollado por RosBREED e incluye aproximadamente 9,000 marcadores genéticos.

Pimientos

El array del Consorcio de Pimientos está diseñado para permitir el genotipado costo efectivo de múltiples especies de pimientos e incluye más de 16,000 SNPs.

Papa

El array GeneSeek Genomic Profiler para la papa utiliza más de 12,000 SNPs. El contenido del array incluye:

  • 7157 SNPs del array GGP-LD para la papa original con una densidad aumentada en regiones candidatas y de resistencia
  • ~3100 SNPs en genes candidatos
  • ~5000 SNPs para la genotipificación tetraploide

Arroz

El array para arroz incluye más de 42,000 marcadores y ofrece una amplia cobertura genómica, lo que permite a los investigadores analizar fácilmente la variación natural de las variedades de arroz en todo el mundo para identificar genes subyacentes de rasgos fenotípicos importantes.

Soya

El array incluye 180,961 marcadores espaciados a lo largo del genoma como sigue:

  • 114,735 SNPs o 63.4% del total de marcadores se encuentran en 40,631 genes.
  • 22,952 SNPs están en 13,259 regiones dentro de 5 pares de kilobases en el extremo 5' o el extremo 3' de los genes.
  • 43,274 SNPs ubicados en regiones intergénicas.
  • El descubrimiento y validación de SNP se completaron usando un conjunto diverso de accesiones de soya.

Tomate

El panel de genotipado SolCAP para tomates fue diseñado por el Proyecto Agrícola Coordinado de Solanaceae (SolCAP) e incluye más de 7,000 marcadores genéticos.

Trigo

El array para genotipado de trigo Axiom HD es una herramienta de investigación de alta densidad con 817,000 SNPs en un conjunto de dos arrays en el formato de placa de 96 arrays.

El array para genotipado para cultivadores de trigo Axiom incluye 35,000 SNPs para líneas de trigo de elite mundiales en un formato de placa de 384 arrays.

Paneles y arrays personalizados

Cree arrays adaptados a sus necesidades específicas para el genotipado de regiones específicas, estudios de validación, estudios de asociación o programas de reproducción asistida por marcadores. GeneSeek ofrece los arrays personalizados Illumina Infinium BeadChips y Affymetrix Axiom.

  • Tan solo 1,000 muestras
  • Capacidad de muestras de cientos a miles
  • Escoja entre 1,000 y 600,000 ensayos de SNP
  • Varias especies en el mismo chip
  • Tasas de éxito promedio del genotipado > 99%