GGP

El chip GGP indicus consiste de 35,090 SNPs que se seleccionan de manera óptima para las razas Bos indicus, utilizando el programa informático SelectSNP que cuenta con la optimización MOLO (Wu et al., 2016). El chip también incluye SNPs específicos para pruebas de paternidad y ensayos causativos para enfermedades genéticas.

El panel óptimo Bos indicus 35K SNP presenta:

  • 19K SNPs de interés específicos para múltiples razas indicus; altamente informativo según la frecuencia del alelo menos común (MAF) ponderada
  • 3K SNPs altamente informativos (específicos de raza MAF > 0.40) para Brahman y Nellore, respectivamente
  • 2K SNPs altamente informativos (específicos de raza MAF > 0.40) para Guzzera y Gyr, respectivamente
  • 3K SNPs altamente informativos (específicos de raza MAF > 0.40) para Droughtmaster, Santa Gertrudis y compuestos tropicales, respectivamente
  • Un conjunto adicional de 1000 SNPs para mapa óptimo (escogidos para llenar las brechas cromosómicas)
  • La precisión de la imputación (para el Illumina Bovine HD) promedia más del 97% para todas las razas evaluadas

Información técnica

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